Усан орчны экологийн мониторинг нь усан орчин, түүний бүрэлдэхүүн хэсгүүдийн нөхцөл байдалд системтэй, давтан хэмжилт хийх, ижил аргаар ижил газарт (цэгт) цаг хугацааны явцад урт хугацааны харьцуулалт хийх шинжлэх ухааны чухал үйл ажиллагаа бөгөөд усны нөөц, усан орчныг хамгаалах, зүй зохистой ашиглахад авч хэрэгжүүлэх арга хэмжээний үндэс болно. Энэхүү сэдэвт ажлын зорилго нь хүний үйл ажиллагааны нөлөөлөлд өндөр эрсдэлтэй голын экологийн мониторинг судалгааг хийх, бохирдлын түвшинг тогтоож, бохирдлыг сааруулах, нөхөн сэргээх арга хэмжээний үндэслэл боловсруулахад оршино.

Монгол орны байгалийн болон эдийн засгийн нөөц, үйлдвэрлэл, хөдөө аж ахуй, хүн ам, нийгэм, эдийн засгийн онцлог, газарзүйн байршлын ялгаатай байдлыг харгалзан, бүс нутгийн хөгжлийн орчин үеийн хөгжлийн чиг хандлага, гадаад нөхцөл байдал, бусад улсын туршлагыг тооцсон, төрөөс бүсчилсэн хөгжлийн тухайд баримтлах бодлого тодорхойлоход ашиглагдах шинжлэх ухааны үндэслэл бүхий онол, аргазүй, аргачлалыг судалж, улмаар нийгэм, эдийн засгийн хөгжлийн орон зайн төлөвлөлтийн шийдлийн хувилбар боловсруулж, дэвшүүлэх зорилготой.